http://www.clear-code.com/blog/2008/12/17.html の最近のエントリを見て「きれいなコード」という意味だと知りました。
しかし usage からすると 'Clean Code' の方が優勢なように見えます。'Clear' と 'Code' がくっつくと「平文(の)」「暗号」という連想をしていたのでした。
参考