最近 freetype のメーリングリストで IPA フォント の baseline についての話題が投稿されていました: http://lists.nongnu.org/archive/html/freetype/2011-02/msg00009.html
開発者の指摘によると、IPA明朝(Ver.003.02)/IPA Mincho(Ver.003.02)の ASCII の範囲のグリフの一部(例えば 'h')が baseline に接地していない点がおかしいということでした。
それにしても、IPA という頭字語はフォント関連の文脈だと International Phonetic Alphabet と混同されるという点が瑣末ながら問題といえそうです。